配殿：东西各一座，可通东西两跨院。现已废毁不存。
毗卢殿：为崇因寺的主殿，在配殿之后。毗卢，意为“光明遍照”，“大日”。华严宗、天台宗、密宗中各有不同的解释。
崇因寺内毗卢殿崇因寺内毗卢殿殿内正中供奉的毗卢佛，据立于寺内刻于明万历三十七年（年）的《圣旨》碑阴文得知，是明神宗皇帝朱翊钧为其生母慈圣皇太后所御制，由宫廷制造。
明神宗于隆庆十年（年）即位。太后教帝颇严，性严明，笃好佛，京师内外多置梵刹，动资百万，此时形成了佛教复兴气象。毗卢佛是三身佛中的报身佛，整体造像自下而上遂层渐收，犹如宝塔，由三层圆鼓仰莲座和三层四身相连，面向四方的坐式铜铸毗卢佛摞制而成，肩以下互相衔接。造像通高6.72米，分为六层。下面三层坐式大佛，每层四佛相连，面向四方盘坐于莲花座上，共12尊；每尊大佛头戴五佛冠，共60尊小佛；佛上面三层鼓式莲花座上，每层莲瓣表面均铸雕一坐式小佛，共饰尊。六层大小毗卢佛像共计尊，形成“千佛绕毗卢”的格局，故称“千佛墩”。每座毗卢佛像设计特，比例适度，构思巧妙，造形精美，技艺精湛，佛面相端严，头戴五佛冠，身披袈沙，双手于胸前作毗卢印。千尊小佛计算精确，且各小佛无一雷同，形态各异，千姿百态，在佛教造像中实属罕见，堪称一绝，为国内罕见的佛像艺术珍品，被世人称之为国宝。因崇因寺建筑年代较早，历经风吹雨浸，年久失修，频临倒塌。
年，为了便于保护毗卢殿和殿内那尊精美绝伦的御制铜铸毗卢佛，经请示河北省文化局批准，按照原毗卢殿和毗卢佛的形制，一同搬迁建于隆兴寺弥陀殿之后。
藏经楼：是为贮藏明代万历神宗皇帝御赐“佛氏藏经旧刻六百三十七函”、“圣母慈圣宣文明肃皇太后续刊四十一函”佛经而建。主楼在中、东西有回廊连接的单层配殿，并立左右，现两旁配殿已损毁，仅存有主楼。主楼为重檐硬山灰瓦顶二层楼阁，面阔五间，进深二间，通面宽23米，进深9.5米。外檐油饰断白，室内壁为旋子彩画，前设月台，周以阶条石压面，中间方砖铺墁。此楼为正定县唯一的一座明代二层楼阁，也是至今仅存的一座古代藏经楼。
“敕谕一道”碑：原立于崇因寺内。碑为青石质，座失、身首二石，首作笏形，通高.6厘米，宽76厘米，厚19.5厘米。碑阳额处刻正书“圣旨”二字，碑身刻“敕谕一道”全文，为楷书字15行，横行31字。无书写人姓名。刻立于明万历三十七年（年）十二月。碑阴刻“本府崇因寺盖方殿募缘疏”，文16行，满行32字。沙门性定书丹，未书年号。
乾隆御碑：（一）《重修真定崇因寺碑记》青石质，首、座均失。碑通高厘米，宽厘米，阴刻大字行书5行，满行16字。碑刻立于清乾隆五十一年（年）岁次丙午季春三月。
（二）《丙午季春月诣崇因寺作》，现今已不存，仅存拓本。（文章摘自《正定史源》）